F344/Stm & LE/Stm BAC ブラウザ

概要
BAC（Bacterial Artificial Chromosome、細菌人工染色体）クローンとは、大腸菌プラスミドF因子を利用して約150kbの大きな断片としてクローン化したDNAです。NBRPゲノム解析事業により、LE/StmとF344/StmのBACライブラリーを構築し、各BACエンド配列のシークエンスを行いました。得られた各クローンのBACエンド配列をラットゲノム配列上にマッピングし、「F344 & LE Rat BAC ブラウザ」として公開しています。研究者は、このブラウザ上で目的とするゲノム領域のBACクローン（F344/StmもしくはLE/Stm由来）を選択し、利用することが可能です（理研BRCより利用できます）。

本事業は、代表機関である京都大学と分担機関である情報・システム研究機構国立遺伝学研究所が連携しながら実施しています。


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使用系統の紹介

Search for rat strainsF344/Stm
LEXF/FXLEリコンビナント近交系の親系統。日本チャールズリバー・株式会社から購入したF344/DuCrjに由来、埼玉県立がんセンターにて近交化。 性質温順、繁殖成績良好、中型。アルビノ（c）。BN/SsNHsdと83％、LE/Stmと73％の多型率を示す（357個のSSLPマーカー）。
Rat Phenome database LE/Stm
LEXF/FXLEリコンビナント近交系の親系統。シカゴ大学癌研究Ben May研究所のLong-Evansラットクローズドコロニーに由来、埼玉県立がんセンターにて近交化。 小型、出血傾向あり。fawn、頭巾斑、ruby-eye（a,B,C,h,r）。BN/SsNHsdと85％、F344/Stmと73％の多型率を示す（357個のSSLPマーカー）。

公開内容

   表示数（個）
 F344/Stm   BACエンド  174,739
  クローン※  105,962
 LE/Stm   BACエンド  240,942
  クローン※  150,968
     ※ 片方のエンドしかないものも含む

  • 遺伝子構造
  • NCBI Map Viewerが提供するゲノム配列上遺伝子構造情報
  • Ensemblが提供するゲノム配列上遺伝子構造情報
  • エンド配列マッピング結果
  • F344/Stm BACライブラリおよびLE/Stm BACライブラリをラットゲノム配列に対してマッピングした結果
  • エンド配列由来SNPレート
  • F344/Stm BACライブラリおよびLE/Stm BACライブラリのマッピング結果から算出したSNPレート
  • リピート配列
  • UCSC Genome Browserが提供するリピート配列情報
  • G+C含量・CpGアイランド
  • ラットゲノム配列のG+C含量およびCpGアイランド

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    BACブラウザ使用方法
    　 F344 & LE BAC browser 使用方法（pdfファイル）

    BACの入手先
    　 理研バイオリソース研究センター
    　 遺伝子材料開発室
    　〒305-0074    茨城県つくば市高野台3-1-1
    　FAX：029-836-9120
    　e-mail: dnabank@brc.riken.jp

    ゲノム解析に関するお問い合わせ
    　 京都大学大学院医学研究科附属動物実験施
    　 ナショナルバイオリソースプロジェクト「ラット」
    　 〒606-8501　京都市左京区吉田近衛町
    　Tel : (075)753-9318, Fax : (075)753-4409
    　E-mail : nbrprat@anim.med.kyoto-u.ac.jp