概要
平成23年度ゲノム情報等整備プログラムにより、HiSeq2000次世代シークエンサーを用いてF344/Stm系統の全ゲノムシークエンスを行いました。 得られたF344/Stmの全ゲノム配列、および、既に公開されているBN系統ゲノム配列との比較、マッピングにより得られたSNP等の多型情報を「F344ゲノムブラウザ」として公開しています。 本事業は、代表機関である京都大学と分担機関である情報・システム研究機構国立遺伝学研究所が連携しながら実施しています。


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使用系統の紹介

なぜF344/Stm系統？
F344系統は、繁殖能力・適応能力が高く取り扱い易いため、薬効試験や安全性試験等で用いられる代表的な近交系です。また世界最大規模34系統のFXLE/LEXFリコンビナント系統の親系統でもあります。 また近年、ENUミュータジェネシス、人工ヌクレアーゼ（ZFN、TALEN）、ES細胞などを用いた遺伝子改変技術が確立されており、これら遺伝子改変技術の対象系統として利用されております。

HiSeq2000次世代シークエンサーによるシークエンス結果
180 x genome coverage
F344/Stm BAC 35クローンの配列
RNB1-052L01, -056G15, -063O04, -070O05, -071K17, -073H19, -099E20, -100C23, -104J11, -108K09, -138E15, -151L02, -152G08, -189B19, -193J14, -256N22, -281C17, -292O10, -311H24, -312J10, -329P10, -341N24, -342B21, -377P10, -385K15, -392D09, -396L07, -428F10, -429I16, -434C03, -434D18, -109K16, -145G13
データ公開（Accession number）
HiSeq2000の配列データ：DRA000578
BACクローンの配列データ：AP012432-AP012466

F344ゲノムブラウザ使用方法
F344 genome browser 使用方法（pdfファイル）

ゲノム解析に関するお問い合わせ
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