Pedigree charting tool A pedigree-like charting tool that displays SSLP differences for more than 150 genotyped rat strains can be accessed here.
Note: all SSLP markers were manually selected from the RGD site for the criteria of being highly polymorphic among the rat strains listed there.
phylogenetic treeThe phylogenetic tree of 132 laboratory rat strains.
The tree was calculated through maximum parsimony analysis implemented in PAUP 4.0b10.  Data display is managed using TreeView's radial tree function.
Genetic profiles of rat strains that are included in our repository cover all chromosomes (except for chromosome Y). Direct access to our genotyping database can be achieved by clicking on the chromosome number below.
Chr. 1 Chr. 2 Chr. 3  Chr. 4 Chr. 5 Chr. 6 Chr. 7 Chr. 8 Chr. 9 Chr. 10  
Chr. 11   Chr. 12 Chr. 13 Chr. 14 Chr. 15  Chr. 16 Chr. 17 Chr. 18 Chr. 19 Chr. 20  Chr. X 
More information on the marker can be accessed by clicking on each marker name. This will take you to The Rat Genome Database.
Chr.1 Chr.2 Chr.3 Chr.4 Chr.5 Chr.6 Chr.7 Chr.8 Chr.9 Chr.10 Chr.11
D1Arb29 D2Mgh13 D3Arb10 D4Arb10 D5Mgh2 D6Arb3 D7Mgh11 D8Mgh7 D9Mit3 D10Mgh15 D11Arb4
D1Arb39 D2Mgh24 D3Arb18 D4Arb15 D5Mgh20 D6Arb5 D7Mgh9 D8Mit5 D9Mit6 D10Mgh3 D11Mgh3
D1Mgh12 D2Rat103 D3Mgh25 D4Arb23 D5Mgh21 D6Rat62 D7Mit12 D8Rat101 D9Mit7 D10Mit5 D11Mit2
D1Mgh19 D2Rat106 D3Mit11 D4Arb25 D5Mgh23 D6Mit1 D7Mit2 D8Rat107 D9Rat106 D10Rat103 D11Mit9
D1Mit4 D2Rat118 D3Mit2 D4Arb35 D5Mgh26 D6Mit6 D7Mit20 D8Rat11 D9Rat108 D10Rat104 D11Rat21
D1Mit8 D2Rat124 D3Mit9 D4Arb7 D5Mgh27 D6Mit9 D7Rat103 D8Rat156 D9Rat110 D10Rat121 D11Rat33
D1Rat122 D2Rat126 D3Rat1 D4Mgh1 D5Mgh8 D6Rat105 D7Rat107 D8Rat16 D9Rat121 D10Rat125 D11Rat6
D1Rat126 D2Rat134 D3Rat114 D4Mgh13 D5Rat106 D6Rat115 D7Rat128 D8Rat165 D9Rat129 D10Rat126 D11Rat63
D1Rat149 D2Rat150 D3Rat122 D4Mgh16 D5Rat116 D6Rat12 D7Rat135 D8Rat179 D9Rat132 D10Rat133 D11Rat91
D1Rat159 D2Rat183 D3Rat130 D4Mgh18 D5Rat125 D6Rat136 D7Rat195 D8Rat184 D9Rat158 D10Rat135 D11Rat92
D1Rat20 D2Rat187 D3Rat148 D4Mgh22 D5Rat128 D6Rat14 D7Rat27 D8Rat185 D9Rat16 D10Rat136 D11Rat97
D1Rat208 D2Rat189 D3Rat157 D4Mgh30 D5Rat138 D6Rat149 D7Rat32 D8Rat31 D9Rat178 D10Rat153
D1Rat214 D2Rat194 D3Rat166 D4Mgh32 D5Rat141 D6Rat160 D7Rat35 D8Rat36 D9Rat22 D10Rat193
D1Rat221 D2Rat202 D3Rat169 D4Mit20 D5Rat147 D6Rat3 D7Rat42 D8Rat43 D9Rat60 D10Rat165
D1Rat231 D2Rat205 D3Rat176 D4Rat101 D5Rat36 D6Rat33 D7Rat66 D8Rat49 D9Rat72 D10Rat195
D1Rat237 D2Rat21 D3Rat193 D4Rat102 D5Rat41 D6Rat36 D7Rat67 D8Rat55 D9Rat78 D10Rat198
D1Rat27 D2Rat212 D3Rat204 D4Rat112 D5Rat49 D6Rat41 D7Rat69 D8Rat62 D9Rat79 D10Rat198
D1Rat270 D2Rat215 D3Rat227 D4Rat142 D5Rat60 D7Rat81 D8Rat8 D10Rat216
D1Rat277 D2Rat222 D3Rat24 D4Rat166 D5Rat68 D7Rat95 D8Rat90 D10Rat223
D1Rat278 D2Rat241 D3Rat25 D4Rat168 D5Rat71 D10Rat54
D1Rat290 D2Rat248 D3Rat34 D4Rat17 D5Rat83 D10Rat93
D1Rat295 D2Rat250 D3Rat56 D4Rat176 D5Rat95 D10Rat95
D1Rat30 D2Rat251 D3Rat80 D4Rat178 D5Rat98
D1Rat320 D2Rat253 D3Rat82 D4Rat209
D1Rat338 D2Rat256 D3Rat97 D4Rat24
D1Rat410 D2Rat28 D4Rat34
D1Rat452 D2Rat287 D4Rat48
D1Rat49 D2Rat302 D4Rat80
D1Rat5 D2Rat363
D1Rat55 D2Rat49
D1Rat60 D2Rat52
D1Rat70 D2Rat62
D1Rat89 D2Rat69
D1Rat90 D2Rat84
Chr.12 Chr.13 Chr.14 Chr.15 Chr.16 Chr.17 Chr.18 Chr.19 Chr.20 Chr.X
D12Arb13 D13Arb5 D14Arb1 D15Mgh10 D16Arb5 D17Arb4 D18Arb6 D19Rat12 D20Arb10 DXMgh7
D12Arb14 D13Mgh16 D14Arb10 D15Rat102 D16Mgh9 D17Mgh10 D18Mgh3 D19Rat13 D20Mgh1 DXRat104
D12Arb6 D13Mgh7 D14Mgh4 D15Rat106 D16Rat102 D17Mgh5 D18Mit1 D19Rat14 D20Mit4 DXRat116
D12Rat14 D13Mgh9 D14Mit9 D15Rat116 D16Rat14 D17Mgh8 D18Mit9 D19Rat2 D20Rat3 DXRat16
D12Rat15 D13Mit15 D14Rat1 D15Rat126 D16Rat17 D17Mit5 D18Rat111 D19Rat28 D20Rat34 DXRat44
D12Rat25 D13Rat1 D14Rat110 D15Rat138 D16Rat35 D17Rat101 D18Rat12 D19Rat29 D20Rat41 DXRat5
D12Rat32 D13Rat129 D14Rat45 D15Rat17 D16Rat58 D17Rat112 D18Rat132 D19Rat36 D20Rat43 DXRat51
D12Rat43 D13Rat133 D14Rat51 D15Rat29 D16Rat65 D17Rat2 D18Rat137 D19Rat46 D20Rat45 DXRat71
D12Rat50 D13Rat137 D14Rat6 D15Rat43 D16Rat67 D17Rat59 D18Rat30 D19Rat47 D20Rat46 DXRat75
D12Rat52 D13Rat152 D14Rat75 D15Rat5 D16Rat78 D17Rat65 D18Rat53 D19Rat58 D20Rat54 DXRat76
D12Rat59 D13Rat192 D14Rat78 D15Rat52 D16Rat81 D17Rat70 D18Rat57 D19Rat67 D20Rat55 DXRat79
D12Rat65 D13Rat21 D14Rat94 D15Rat69 D16Rat83 D17Rat76 D18Rat62 D19Rat82 D20Rat60 DXRat83
D12Rat93 D13Rat32 D15Rat78 D16Rat93 D17Rat99 D18Rat96 D19Rat97 D20Rat78
D13Rat59 D15Rat8
D13Rat7 D15Rat81
D13Rat72 D15Rat92